Στο Ηράκλειο στις 27 Σεπτεμβρίου του 1669, με τον Ενετό αρχιστράτηγο Μοροζίνι να παραδίδει τα κλειδιά της πόλης, άνοιξαν όλες οι πόρτες και η ίδια η πόλη παραδόθηκε στους Τούρκους, οι οποίοι την πολιορκούσαν για 21 χρόνια. Τότε η πόλη είχε 25.000 κατοίκους και έμεναν εντός των Τειχών και πολλοί τότε έφυγαν μαζί με τις οικογένειές τους σε όλη την Ελλάδα. Γι’ αυτό άλλωστε έχουμε αρκετούς Κρητικούς μετανάστες.
Όταν μπήκαν μέσα τα οθωμανικά στρατεύματα στις 4 Οκτωβρίου, η πόλη ήταν έρημη. Την εποχή εκείνη το Ηράκλειο είχε πολλούς επιστήμονες και επαγγελματίες σε όλους τους κλάδους, οι οποίοι συνέχισαν τις δραστηριότητες τους υπό τον έλεγχο των πολιορκητών. Αν και υπήρχαν κρητικές οργανώσεις κατά των Ενετών, δεν είχαν αποτέλεσμα.
Έτσι, με την πτώση του Χάνδακα, όλη η Κρήτη πέρασε στα χέρια της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, βάζοντας τέλος στην κυριαρχία των Ενετών.