Πολλοί σημερινοί Ηρακλειώτες ακούνε για τον μεγαλοπρεπή Ναό του Αγίου Φραγκίσκου στο ομώνυμο μοναστήρι που υπήρχε στον Χάνδακα και το μόνο που διασώζεται από αυτόν είναι η μαρμάρινη πύλη που έχει τοποθετηθεί στους Κισλάδες, στην είσοδο δηλαδή των Δικαστηρίων Ηρακλείου.
Με την κατάκτηση του Χάνδακα από τους Τούρκους έχει Χουγκιάρ Τζαμί, δηλαδή αυτοκρατορικό αφιερωμένο στον Μωάμεθ τον Πορθητή και προστέθηκε στο κτίσμα και μιναρές. Ο σεισμός του 1856 τον έκανε ερείπιο και το 1912 τον αποτελείωσαν, δηλαδή τον γκρέμισαν. Στη θέση του σήμερα βρίσκεται το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.