Κατάλληλες για κολύμβηση είναι όλες οι θαλάσσιες περιοχές της Περιφερειακής Ενότητας Ηρακλείου, τόσο στο βορά, όσο και στο νότο.
Η κολύμβηση εξακολουθεί να απαγορεύεται βάσει της κείμενης νομοθεσίας:
Α) 200 μέτρα εκατέρωθεν της εκβολής του καναλιού του ΑΛΜΥΡΟΥ ποταμού μπροστά από τη Δ.Ε.Η. στα Λινοπεράματα, λόγω χαρακτηρισμού της περιοχής ως αποδέκτη επεξεργασμένων λυμάτων, και της εκβολής των αποχετευτικών αγωγών εγκαταστάσεων της Δ.Ε.Η. και της Ε.Κ.Ο.
Β) 200 μέτρα εκατέρωθεν της εκβολής του ποταμού ΓΙΟΦΥΡΟΥ Ηρακλείου, λόγω χαρακτηρισμού της περιοχής ως αποδέκτη επεξεργασμένων λυμάτων, και του υποθαλάσσιου αγωγού του βιολογικού σταθμού Ηρακλείου.
Γ) 200 μέτρα εκατέρωθεν της περιοχής των πρώην σφαγείων Ηρακλείου (Νέα Αλικαρνασσός) λόγω χαρακτηρισμού της περιοχής ως αποδέκτη επεξεργασμένων λυμάτων και της εκβολής του αποχετευτικού αγωγού του βιολογικού σταθμού της ΒΙ.ΠΕ.Η.
Δ) Στα αγκυροβόλια πλοίων και μαρίνες.
Ε) Στο λιμάνι του Ηρακλείου.