Η Αγία Πελαγία Ηρακλείου, είναι το μικρότερο εκκλησάκι της Κρήτης, έκτασης 2,5 τετραγωνικών μέτρων και ύψους μόλις 1,74 μέτρων, ωστόσο, φέρει μία μεγάλη ιστορία.
Βρίσκεται δέκα χιλιόμετρα έξω από το Ηράκλειο, δίπλα στη θάλασσα. Αρχικά στο σημείο υπήρχε μία εικόνα από την περίοδο της Εικονομαχίας και ένα καντήλι. Όμως, στη συνέχεια το έχτισαν ναύτες που μετέφεραν εκεί πολεμοφόδια και τροφή από τη Σύρο ή τον Πειραιά, κατά τη διάρκεια των Κρητικών επαναστάσεων, σε συνθήκες θαλασσοταραχής για να μην γίνονται αντιληπτοί από τους Τούρκους, ρισκάροντας την ίδια τους τη ζωή.
Για την κατασκευή του ναού, σύμφωνα με την παράδοση, χρησιμοποιήθηκαν πέτρες από την Αρχαία Απολλωνία.