Ο αίθουσές του πλημμυρίζουν και το κτήριό του δεν αρκεί για να καλύψει τις ολοένα αυξημένες ανάγκες του.
Το κτηριακό πρόβλημα του Ενιαίου Ειδικού Επαγγελματικού Γυμνασίου – Λυκείου Ηρακλείου αναμένεται να τεθεί στη συνεδρίαση του Δημοτικού συμβουλίου Ηρακλείου την Δευτέρα 25 Φεβρουαρίου.
Το σχολείο μεταστεγάστηκε το σχολικό έτος 2008-2009 με απόφαση της τότε Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης και μέχρι σήμερα στην οδό Ανθηρού, στην περιοχή Άι Γιάννη Χωστού, σε λυόμενες αίθουσες που τοποθετήθηκαν για ν’ αντιμετωπιστεί η προσωρινή στέγασή του.
Από το σχολικό έτος 2018-2019 στη σχολική μονάδα λειτουργούν και γυμνασιακές τάξεις με ένα τμήμα στην Α’ Γυμνασίου. Την ερχόμενη σχολική χρονιά, το κτήριο δεν θα μπορεί να στεγάσει το σύνολο των μαθητών του σχολείου
. Οι πρόσφατες βροχοπτώσεις προκάλεσαν πλημμύρα στο σχολείο, η οροφή του χρειάζεται υγρομόνωση ενώ το αποκορύφωμα ήταν το βραχυκύκλωμα που άφησε χωρίς ρεύμα και θέρμανση το σχολείο για τρεις μέρες.
Η υγρασία στους τοίχους και άλλα προβλήματα κάνουν μαθητές, εκπαιδευτικούς και γονείς να αγανακτούν.