Ο υποβιβασμός των Χανίων από την Σούπερ Λιγκ 2 την αφήνει «ορφανή» από εκπροσώπηση την Κρήτη μετά από 17 χρόνια. Η τελευταία περίοδος που το νησί δεν είχε ομάδα στην δεύτερη τη τάξει κατηγορία ήταν το 2008-09.
Η Β΄ Εθνική Κατηγορία καθιερώθηκε ως μόνιμη, ενιαία εθνική κατηγορία το φθινόπωρο του 1962, μέχρι το 2010 που μετονομάστηκε σε Football League.
Με την αναδιάρθρωση του 2019 δημιουργήθηκε η Super League 2 ως νέα, ενδιάμεση επαγγελματική κατηγορία (δεύτερη), ενώ η Football League έγινε ουσιαστικά η Γ΄ Εθνική.
Από το 2021 η Football League καταργήθηκε και συγχωνεύτηκε με τη Super League 2, η οποία αποτελεί τη δεύτερη επαγγελματική κατηγορία, συχνά χωρισμένη σε δύο ομίλους (Βορράς-Νότος).
Από το 2000 και μετά μέχρι σήμερα συνολικά πέντε φορές η δεύτερη κατηγορία δεν εκπροσωπήθηκε από ομάδα της Κρήτης. Ήταν οι σεζόν 2002-03, 2004-05 και τρείς συνεχόμενες περίοδοι 2006-07, 2007-08, 2008-09. Από τότε μέχρι και σήμερα το πρωτάθλημα αυτό είχε πάντα εκπρόσωπο του νησιού είτε μια είτε παραπάνω ομάδες αλλά μετά τον υποβιβασμό των Χανίων η θέση της Κρήτης θα μείνει κενή για την περίοδο 2026-27 και για 6η φορά την τελευταία 26ετία.
Την μερίδα του λέοντος στις συμμετοχές όλα αυτά τα χρόνια έχουν τα Χανιά που έχουν πάρει μέρος 11 φορές. Ακολουθεί ο Εργοτέλης με 9, ΟΦΗ και Επισκοπή με 4, Πλατανιάς, ΟΦΙ, Κισσαμικός και Ηρόδοτος με 3, ΑΟΑΝ με 2 και ο Γιούχτας με 1 συμμετοχή.